Komplexní genomové profilování nádorové tkáně,
CGP (Comprehensive Genomic Profiling)

 

 

Za poslední roky došlo ve výzkumu rakoviny k velkým pokrokům, díky kterým lékaři mohou ve své praxi zavádět přístup precizní medicíny a personalizované diagnostiky.

V minulosti byl nádor charakterizovaný pouze svým původem v těle (prsa, plíce, tlusté střevo, prostata…), dnes lze nádor navíc charakterizovat i pomocí tzv. biomarkerů. Původní rozdělení nádorů podle umístění v těle tak nyní ustupuje do pozadí a pro správnou diagnostiku nádoru jsou důležité zjištěné biomarkery. Velký rozvoj byl zaznamenám v charakteristice genomických biomarkerů na úrovni nukleové kyseliny v předem určených genech, nebo místech na chromozomu. Dnes víme, že vedle základních genomických biomarkerů existují i tzv. tumor agnostické biomarkery na úrovni DNA a RNA, které se vyskytují napříč nádory bez ohledu na jejich lokalizaci v těle. Testování molekulárních biomarkerů využívá technologii sekvenování nové generace (NGS).

Co to je CGP

Během jedné analýzy komplexní genomové profilování (CGP) nádorové tkáně vyhodnocuje rozhodující genomové změny (alterace) na úrovní DNA a RNA. Test CGP založen na hromadném testování často i vzácně se vyskytujících genomických biomarkerů v jedné reakci, čímž se liší od postupného testování jednoho specifického genomického biomarkeru za druhým. CGP značně zvyšuje a urychluje šanci najít řídící mutaci, která vedla ke vzniku nádorů, a lépe tak zacílit zvolenou terapii.

CGP testuj 4 hlavní genomické změny a dva hlavní agnostické biomarkery

  • substituce bazí (SNV)
  • inzerce a delece (indely)
  • změny v počtu kopií (CNA),
  • genové fúze (fůze) a změny v sestřihu RNA
  • včetně dvou pan-tumorové (tumor agnostické) biomarkerů TMB (mutační zátěž tumoru) a MSI (mikrosatelitní instabilita), což maximalizuje schopnost najít klinicky použitelné alterace (genomové změny).CGP test lze jednoduše rozšířit o analýzu genů zodpovědných za správnou homologní rekombinanci (HRD test).

Pro koho je test vhodný

CGP test má nezastupitelné místo při testování nádorů neznámého původu či pro testování vzácných nádorů. Test je také vhodný pro pacienty, kterým selhala předchozí léčba, popřípadě se na stávající léčbu vytvořila rezistence. V neposlední řadě výsledky testu CGP umožňují pacienta cíleně začlenit do probíhající klinické studie. O provedení testu rozhoduje lékař.

Princip CGP testu

Nádorová tkáň odebraná pomocí biopsie je chemicky zakonzervována, nebo šokově zmrazena tak, aby došlo k co nejmenšímu poškození DNA a RNA. Následně je DNA a RNA izolována a podrobena CGP testu pomocí NGS technologie. Získaná data jsou podrobena klinické analýze a shrnuta do výsledné zprávy.

Co to je CGP tekutá biopsie

Tekutá biopsie (liquid biopsy) umožňuje analýzu fragmentů nádorové DNA z krve pacienta. V případě, že je obtížné nebo nemožné odebrat tkáňovou biopsii může být tekutá biopsie vhodnou alternativou. Tekutá biopsie také může zachytit větší škálu biomarkerů oproti tkáňové biopsii, která je limitovaná svým místem původu. Kdy je tento vhodné tento typ testu provést rozhoduje lékař.

Jaké jsou výhody CGP?

Pacienti, kterým je na základě nalezených genomických biomarkerů zahájena cílena léčba či imunoterapie, vykazují lepší klinické výsledky.

Jaké jsou rozdíly mezi testováním jednoho genu a testováním CGP?

Testování pouze jednoho genu, který je potencionálně zodpovědný za vznik nádorového bujení má dvě možné nevýhody. Předně jsou tyto testy omezeny na analýzu jen jednoho genu a pokud v něm není nalezena alterace, je nutné provést analýzu dalšího genu. Tak dochází k prodlužování nalezení diagnózy. Další nevýhoda je, že testy testující pouze jeden gen, nepokrývají dostatečně velký úsek genomu, což sebou nese riziko přehlédnutí důležitých genomických změn, jakými jsou TMB a MSI. Oproti tomu test CGP analyzuje široké spektrum nádorových genů během jednoho provedeného testu a díky velkému počtu genů je možné zároveň analyzovat i TMB a MSI.

Jaké jsou rozdíly mezi testováním CGP a cíleným panelem?

Cílené panely obvykle nabízejí pokrytí několika specifických genů zodpovědných za vznik nádorového bujení (nízké desítky genů) namísto testů, které testují pouze jeden gen, ale stále nepokrývají dostatečně velkou část genomu nutnou k analýze TMB a MSI. V důsledku toho mohou přehlédnout vhodné cíle pro imunologickou terapii. Komplexní jednotný test genomového profilování (který analyzuje stovky možných genů spojených se vznikem nádorového bujení), hodnotí širokou škálu biomarkerů a tím zvyšuje šanci na získání relevantních cílů pro personalizovanou terapii a to včetně TMB a MSI.

Kdy je důležitá ctDNA?

Cirkulující nádorová DNA (ctDNA) může sloužit jako neinvazivní biomarker u těch typů nádorů, který neumožňují invazivní tkáňovou biopsy nebo, kdy jí není možné opakovat.